https://extendedlab.ru/?utm_source=utm_source%3Dbiomolecula.ru&utm_medium=utm_medium%3Dbanner&utm_campaign=utm_campaign%3Dbiomolecula&utm_content=utm_content%3Dperehod_ot_biomolekula&utm_term=utm_term%3Dbiomolecula
Подписаться
Игорь Шашков

Игорь Шашков 0,0

VK

  • «Био/мол/текст»-2020/2021
    Свободная тема
    Конструкторское бюро белков
    Обзор
    CAR-T «Сухая» биология Биология Биомолекулы Драг-дизайн Структурная биология
    Конструкторское бюро белков
    3144 1,4
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Создание новых белков с заранее выбранной функцией? Что? Да!!! Нужна вакцина? Дизайним белок! Нужно вылечить рак? Дизайним белок! Звучит очень заманчиво, но реально ли это? Rosetta — программа, разработанная в Институте белкового дизайна под руководством Дэвида Бейкера, дает утвердительный ответ на этот вопрос. С ее помощью ученым удалось справиться с целиакией, создать лекарство широкого спектра от вируса гриппа и научить иммунные клетки находить и убивать раковые. Несколько компаний сейчас занимаются выводом этих разработок на рынок. В этой статье мы разберемся, как работает Rosetta и какие проблемы белковый дизайн позволяет решать уже сегодня.
    0 Павел Буслаев 15 марта 2021
  • ИИ в биологии
    Как языковые модели покорили мир белков
    Обзор
    «Сухая» биология Биомолекулы Биотехнологии ДНК Синтетическая биология
    Как языковые модели покорили мир белков
    2081 0,6
    На фоне конкуренции между Microsoft, Google, Meta, Amazon и другими техногигантами за звание обладателя лучшего чат-бота, достижения аналогичных моделей в биохимии и структурной биологии остаются слегка за кадром. А успехи есть, и еще какие! В этой статье спецпроекта «Искусственный интеллект в биологии» «Биомолекула» постарается исправить несправедливость и расскажет, как работают «большие языковые модели» на последовательностях биомолекул и к чему их можно применить в биологии. Мы также обсудим аналогии между биополимерами и привычными нам текстами, которые позволяют применять языковые модели к белкам и ДНК. Не забудем поговорить и про нашумевший AlphaFold — причем будем его не только хвалить! Ну и как всегда, поделимся кейсами, которые уже меняют структурную и другие области биологии.
    1 Мария Кадукова 07 марта 2024
  • ИИ в биологии
    История развития искусственного интеллекта и его пришествия в биологию
    Обзор
    «Сухая» биология Биотехнологии Наука из первых рук Синтетическая биология
    История развития искусственного интеллекта и его пришествия в биологию
    3546 1,2
    Искусственный интеллект занимает в современной биологии важное место — с его помощью можно предсказать строение белка, изучить структуру гена или даже написать научную статью. (Кстати — и прочитать тоже можно, чтобы попросить алгоритм извлечь из нее нужные факты.) В первой статье спецпроекта «Искусственный интеллект в биологии» мы попытаемся проследить, с чего всё начиналось и как искусственный интеллект пришел в биологию — или, наоборот, вышел из нее. Мы изучим основные вехи истории машинного обучения и обсудим их с российскими и зарубежными экспертами.
    2 Георгий Куракин 15 декабря 2023
  • Мультиомиксные технологии
    Медицинская мультивселенная: получится ли у омиксов людей лечить?
    Обзор
    Биомолекулы Биотехнологии Здравоохранение Нейродегенерация Онкология Фармакология
    Медицинская мультивселенная: получится ли у омиксов людей лечить?
    649 0,2
    Логичным этапом стремительного развития алгоритмов искусственного интеллекта, увеличения вычислительных мощностей и развития методов молекулярного анализа стало появление (мульти)омиксных технологий. Считается, что за ними будет победа в битве со сложными мультифакторными и социально значимыми патологиями, но пока это, как говорится, не точно. Так что давайте лучше разберемся, как и зачем используют (мульти)омиксы в биомедицине прямо сейчас — в заключительной публикации нашего спецпроекта.
    0 Элина Стоянова 22 марта 2024
  • Торжество компьютерных методов: предсказание строения белков Обзор
    «Сухая» биология Биомолекулы Биотехнологии Структурная биология
    Торжество компьютерных методов: предсказание строения белков
    14236 6,0
    Знание пространственной организации белковых молекул является ключом не только к пониманию их функций и механизма работы, но и основой для разработки эффективных и безопасных лекарственных средств. В то же время, определять структуру белков в прямом эксперименте не всегда возможно или целесообразно — из-за сложности, дороговизны и ограниченности возможностей экспериментальных методик. Однако иногда удаётся преодолеть эти сложности, подойдя к проблеме «с другого конца»: структуру биомакромолекул можно «предсказать», используя теоретические подходы — основанные на физических или эмпирических приближениях. В этой статье даётся теоретическое обоснование возможности «предсказывать» структуру белков и коротко рассматриваются основные подходы к этой задаче.
    13 Антон Чугунов 26 марта 2008
  • Открытые инновации
    Путешествие ученых в мир инноваций
    Обзор
    Карьера Комикс Наглядно о ненаглядном ОколоНауки
    Путешествие ученых в мир инноваций
    372 0,2
    Многим кажется, что самое сложное в инновационном бизнесе — совершить прорывное научное открытие. Ах, если бы это было так! Открытия, конечно, на дороге не валяются, но превратить Ту Самую Молекулу в лекарство, которое спасает людям жизни, а Ту Самую Методику в стандартное обследование, которое предлагает каждый медицинский центр, — трудная задача. Немало ученых потерпели неудачу на тернистом пути, который превращает лабораторное открытие в наукоемкий бизнес. Но, к счастью, на этом пути ученым встречаются помощники. Об одном из них мы вам сейчас и расскажем...
    0 Любовь Колосовская 04 февраля 2022
  • «Био/мол/текст»-2016
    Свободная тема
    Проблема фолдинга белка
    Обзор
    «Сухая» биология Биомолекулы Биотехнологии Биофизика Структурная биология
    Проблема фолдинга белка
    12855 6,1
    Статья на конкурс «био/мол/текст»: Белки — главные биологические молекулы. Они выполняют множество разнообразных функций: каталитическую, структурную, транспортную, рецепторную и многие другие. Даже всем известная ДНК играет лишь роль «флешки», храня информацию о белках, в то время как белки — сами «файлы». Жизнь на Земле по праву можно назвать белковой. Но так ли много мы знаем о структуре и функционировании этих веществ? До сих пор тайной остается фолдинг белка — процесс пространственной упаковки белковой молекулы, принятия белком строго определенной формы, в которой он выполняет свои функции.
    0 Илья Кренёв 16 октября 2016
  • «Био/мол/текст»-2014
    Биоинформатика и молекулярная эволюция
    Виртуальные тропы реальных лекарств
    Обзор
    «Сухая» биология Биомолекулы Драг-дизайн Медицина Структурная биология
    Виртуальные тропы реальных лекарств
    3820 1,9
    Статья на конкурс «био/мол/текст»: В наше время компьютерные методы используются практически во всех областях науки. Создание новых лекарств не является исключением. Многие вещества, которые легко получить из природы, например, выделив экстракт из листьев какого-нибудь растения, уже давно исследованы на наличие лекарственной активности. Поэтому сейчас лекарства часто «изобретают» на компьютере, а потом уже проверяют экспериментально. В статье обсуждаются различные аспекты метода молекулярного докинга, используемые в решении этой задачи.
    1 Полина Шичкова 28 ноября 2014
  • «Омики» — эпоха большой биологии Обзор
    «Сухая» биология Биотехнологии Генетика Фармакология
    «Омики» — эпоха большой биологии
    10127 5,0
    Благодаря нашумевшему проекту «Геном человека» слов с суффиксом «-ом» становится все больше. Появление вслед за генóмом и протеóмом большого количества новых омов — свидетельство важной тенденции в мире современной биологии. Все больше проводится крупномасштабных исследований, результатом которых становится не описание отдельных молекул, а большие массивы сложно организованных данных. О том, какие новые дисциплины появились в эпоху большой биологии и какое развитие получили «классические» омики, рассказывается в этой статье.
    0 Виктория Коржова 22 ноября 2013
  • Драг-дизайн: как в современном мире создаются новые лекарства Обзор
    «Сухая» биология Биофизика Драг-дизайн Рецепторы Структурная биология Фармакология
    Драг-дизайн: как в современном мире создаются новые лекарства
    31227 14,7
    Статья дает базовое представление о том, как в современном мире создаются лекарства. Рассмотрены история драг-дизайна, основные понятия, термины и технологии, применяющиеся в этой сфере. Особое внимание уделено роли вычислительной техники в этом наукоемком процессе. Описаны методы поиска и валидации биологических мишеней для лекарственных препаратов, высокопроизводительный скрининг, процессы клинических и доклинических испытаний лекарств а также применение компьютерных алгоритмов.
    20 Антон Чугунов 07 июня 2004