-
Даже из неполной карты интерактома (схемы молекулярных взаимодействий в клетке), доступной на данный момент, можно извлечь полезную информацию о связях между болезнями. Кластеры белков, участвующих в патогенезе различных заболеваний, на карте интерактома могут располагаться на разном удалении друг от друга и даже перекрываться. Расстояние между кластерами отражает сходство симптомов болезней, а также вероятность того, что обе болезни разовьются у одного человека.
-
Ученые из Массачусетского технологического института исследовали, сколькими способами можно сконструировать рабочий вариант последовательности белка, отвечающей за распознавание его мишени. Оказалось, что природа «освоила» довольно ограниченную область пространства вариантов, которыми можно было получить рабочую структуру. Причины такой ограниченности стали ясны при анализе структуры пространства вариантов.
-
Компьютерное моделирование биологических молекул зачастую основано не на квантовой механике, описывающей строение вещества максимально корректно, а на наборе приближений, уводящих нас от физических «истоков», но позволяющих решать практически важные задачи с использованием ЭВМ. Одним из таких упрощений является концепция молекулярных поверхностей, представляющая молекулу в виде твердого тела, на поверхности которого распределены какие-либо физические свойства. Несмотря на кажущийся примитивизм, этот подход является довольно плодотворным, внося свою лепту в решение актуальных проблем молекулярной биологии, — например, дизайна новых антибиотиков и изучения молекулярных механизмов заболеваний.
-
3819Статья на конкурс «био/мол/текст»: В наше время компьютерные методы используются практически во всех областях науки. Создание новых лекарств не является исключением. Многие вещества, которые легко получить из природы, например, выделив экстракт из листьев какого-нибудь растения, уже давно исследованы на наличие лекарственной активности. Поэтому сейчас лекарства часто «изобретают» на компьютере, а потом уже проверяют экспериментально. В статье обсуждаются различные аспекты метода молекулярного докинга, используемые в решении этой задачи.
-
2309Статья на конкурс «био/мол/текст»: Современная молекулярная биология испытывает серьезный системный кризис, связанный с «перепроизводсвом» экспериментальных данных. Но адаптация передовых информационных методов, таких, как технология Google Maps для визуализации молекулярно-биологической информации (система навигации NaviCell) в сочетании с биоинформатическими методами моделирования и анализа, открывает новые возможности для использования данных высокопроизводительных методик.
-
4969Статья на конкурс «био/мол/текст»: Амбициозный проект «Геном человека», завершившийся в 2003 году, был призван расшифровать всю ДНК, содержащуюся в человеческом геноме. Считалось, что проект поможет понять, как функционируют гены, каким образом они определяют состояние клетки и организма человека в целом, а также даст толчок развитию медицины и биологических наук. Однако исследования показали, что вся сложность клетки как целостной системы не сводится к одному лишь геному. Функционирование и роль молекулы РНК в регуляции клеточных процессов во многом зависят от ее пространственной организации, изучение которой — сложная задача, справиться с которой под силу только биоинформатике.
-
Статья на конкурс «био/мол/текст»: Аминокислота — «кирпичик» белковой последовательности — закодирована в геноме тремя нуклеотидами, при этом не всегда единственным образом. Здравый смысл подсказывает, что можно выбрать случайный триплет для данной аминокислоты и что от этого выбора ничего не зависит. Оказывается, здравый смысл в этом случае неправ.
-
Статья на конкурс «био/мол/текст»: На уроках литературы этот вопрос не раз ставил в тупик юных любителей точных наук. И если разумному существу не всегда под силу уловить смысл текста, то как нелегко, должно быть, обучить этому машину. А между тем, непостижимое количество сведений хранится именно в текстовой форме: от научных статей до больничных карт, от патентов до записей в блогах, — погребенная в бумажной и цифровой форме информация ждет своего автоматического читателя!
-
Статья на конкурс «био/мол/текст»: С развитием современных технологий идея изучать клетку на уровне отдельных молекул получила новые технические возможности. Современные методы микроскопии позволяют увидеть, как выглядят клетки, их органеллы (световая микроскопия) и даже отдельные молекулы внутри фиксированных клеток (электронная микроскопия). Использование флуоресцентных меток позволяет увидеть отдельные молекулы в живых клетках с помощью световой микроскопии, а использование сверхчувствительных видеокамер и компьютерных программ для обработки видеозаписей дает возможность судить о функциях конкретных молекул.
-
874Статья на конкурс «био/мол/текст»: Природа многообразна на самых разных уровнях: от отдельных внутриклеточных процессов до целых организмов. Животные и растения составляют лишь две небольшие группы в царстве эукариот, но на все другие группы человек редко обращает внимание, так как они крайне малы и относятся к так называемому микромиру. В этом году произошло событие, которое открывает перед исследователями возможность заглянуть гораздо глубже в мир простейших (одноклеточных эукариот). Объявлено о расшифровке более 650 транскриптомов этих организмов, и все данные уже находятся в свободном онлайн доступе. Транскриптомы дают информацию о всех генах, которые в данном организме в данный момент работают. Таким образом можно говорить о начале качественно нового уровня в понимании редко доступного глазу, но ключевого элемента биосферы.
