Подписаться
Екатерина Крупинская

Екатерина Крупинская 0,0

НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи

VK

младший научный сотрудник, специализация - микробиология и молекулярная биология, в настоящий момент занимаюсь изучением генетики возбудителей иксодового клещевого боррелиоза

  • «Био/мол/текст»-2023/2024
    Своя работа
    Игра в «поймай промотор»
    Обзор
    Биомолекулы ДНК РНК
    Игра в «поймай промотор»
    633 0,1
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: ДНК — не такая уж скучная и «правильная» молекула, как принято считать. На ней уживаются вместе очень непохожие последовательности — и кодирующие, и регуляторные, и повторяющиеся, и мобильные элементы генома, и невесть еще какие. Те, что не служат матрицей для синтеза белка и/или РНК, могут, тем не менее, в нем активно участвовать в другом качестве — как в случае промоторов, на которых начинается транскрипция ДНК. Предсказание положения промоторов в пока неизученных геномах имеет огромное значение для аннотации геномов и биотехнологии. И это — один из самых старых, можно сказать, «проклятых вопросов» биоинформатики, который все еще далек от окончательного решения. Как так вышло и возможно ли в принципе точно «вылавливать» промоторные последовательности ДНК — в том числе из неведомых геномов, которые нам поставляет секвенирование нового поколения?
    0 Михаил Орлов 08 апреля 2024
  • «Био/мол/текст»-2023/2024
    Школьная
    Что было раньше — курица или первичный бульон? Коацерваты
    Обзор
    Биомембраны Биомолекулы РНК Эволюционная биология
    Что было раньше — курица или первичный бульон? Коацерваты
    717 0,2
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Все организмы на Земле состоят из клеток, и люди достаточно много знают о них: все они окружены липидной мембраной, делятся, сильно различаются между организмами. Тем более удивительно, что до сих пор существуют проблемы с теорией того, как клетка возникла. Скорее всего, появление длинных нуклеиновых кислот предшествовало появлению первых клеток. Этот этап развития часто называют РНК-миром. Про то, как развивались нуклеиновые кислоты и чего они достигли, можно почитать — и даже посмотреть смешные комиксы. Но остается вопрос, чем-то похожий на то, как человек произошел от обезьяны: как из нуклеиновых кислот произошли клетки, и какие при этом были промежуточные стадии, и что нам это может рассказать про биологию клетки сейчас?
    0 Кирилл Вакулин 03 апреля 2024
  • Победитель «Био/мол/текст»-2023/2024
    Школьная
    Молекулярная коммутация — новый механизм регуляции генов и не только
    Обзор
    Биомолекулы ДНК Процессы
    Молекулярная коммутация — новый механизм регуляции генов и не только
    994 0,3
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Все мы давно привыкли к структуре ДНК. В этой изящной молекуле при помощи одной цепи можно однозначно восстановить вторую. Это свойство не только обеспечивает стабильность и прочность ДНК, но и делает возможными такие процессы, как репликация и транскрипция. По сути, открытие структуры ДНК положило начало современной молекулярной биологии. Однако, несмотря на всю красоту двойной спирали, нуклеотиды могут взаимодействовать и без ее образования. И нет, речь идет не про образование вторичной структуры РНК или ДНК. В новом исследовании изучалось именно взаимодействие между двумя цепями нуклеотидов как в ДНК, лишь с более короткими молекулами длинной в несколько десятков пар нуклеотидов. Только, в отличие от ДНК, связь между цепочками была не стопроцентной, то есть не все нуклеотиды подходили друг к другу.
    0 Дмитрий Козлов 02 апреля 2024
  • «Био/мол/текст»-2023/2024
    Своя работа
    Сиквенс лишним не бывает или Зачем мы повторно секвенируем вирусы?
    Обзор
    SARS-CoV-2 Вирусология Грипп Секвенирование ДНК
    Сиквенс лишним не бывает или Зачем мы повторно секвенируем вирусы?
    421 0,1
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: ОРВИ срывает планы, мешает жить и иногда может протекать долго и тяжело. Возбудителями сезонных простудных заболеваний является целый ряд вирусов, но особый интерес у исследователей вызывают наиболее опасные вирусы, которые могут приводить к смерти: вирусы гриппа, SARS-СoV-2 и РСВ. Но почему всего для нескольких вирусов, вызывающих ОРВИ, в базах данных можно найти 17 миллионов последовательностей геномов? Зачем исследователям повторно определять последовательности геномов вирусов? О том, что повторное секвенирование не такое уж повторное и зачем нам столько данных о генетике вирусов, читайте в этой статье.
    0 Никита Ёлшин 27 марта 2024
  • «Био/мол/текст»-2023/2024
    Свободная тема
    Генная терапия гемопоэтическими стволовыми клетками
    Обзор
    CRISPR/CAS Биотехнологии Генная терапия Медицина
    Генная терапия гемопоэтическими стволовыми клетками
    626 0,2
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Мы знаем, как сделать операцию на разные органы и исправить какие-то недостатки в них. Но как исправить то, что находится в каждой клетке нашего организма — наши гены? Этим и занимается генная терапия стволовых клеток, к которым и относятся гемопоэтические стволовые клетки (ГСК).
    0 Ксения Мосенцова 21 марта 2024
  • «Био/мол/текст»-2023/2024
    Синтетическая биология
    Рассказ о том, как ученые бактериальные и синтетические клетки подружили
    Новость
    Биомолекулы Генная инженерия Синтетическая биология Цитология
    Рассказ о том, как ученые бактериальные и синтетические клетки подружили
    568 0,1
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: «Сенсация! Сенсация! Ученые создали биологические клетки и научили их общаться!». Так мог бы звучать заголовок в желтой прессе, если бы они решили опубликовать данные исследования, которое провели ученые из Оксфорда и университетского колледжа Лондона. Да, звучит действительно потрясающе! Неудивительно, что эта работа опубликована в журнале Nature Chemical Biology и очень активно цитируется. Разберемся же в том, что такого необычного придумали ученые и в чем польза их изобретения.
    0 Светлана Бозрова 12 марта 2024
  • Карла Хэфнер, Мике Шайер: «ДНК: код жизни. Все про гены, ДНК, генную инженерию, а еще почему мы такие, какие есть». Рецензия Рецензии
    Генетика ДНК Детям
    Карла Хэфнер, Мике Шайер: «ДНК: код жизни. Все про гены, ДНК, генную инженерию, а еще почему мы такие, какие есть». Рецензия
    201 0,1
    В этой книге приведены основные сведения о генетике как науке. Много внимания уделено истории, мало — мутациям. Есть информация о некоторых сферах применения, и даже сделана попытка рассказать школьникам младшего школьного возраста о системе CRISPR-Cas9. Согласитесь, амбициозно? Получилось ли у авторов справится с задачей, предлагаем решить самостоятельно.
    0 Элина Стоянова 09 марта 2024
  • ИИ в биологии
    Как языковые модели покорили мир белков
    Обзор
    «Сухая» биология Биомолекулы Биотехнологии ДНК Синтетическая биология
    Как языковые модели покорили мир белков
    2314 0,6
    На фоне конкуренции между Microsoft, Google, Meta, Amazon и другими техногигантами за звание обладателя лучшего чат-бота, достижения аналогичных моделей в биохимии и структурной биологии остаются слегка за кадром. А успехи есть, и еще какие! В этой статье спецпроекта «Искусственный интеллект в биологии» «Биомолекула» постарается исправить несправедливость и расскажет, как работают «большие языковые модели» на последовательностях биомолекул и к чему их можно применить в биологии. Мы также обсудим аналогии между биополимерами и привычными нам текстами, которые позволяют применять языковые модели к белкам и ДНК. Не забудем поговорить и про нашумевший AlphaFold — причем будем его не только хвалить! Ну и как всегда, поделимся кейсами, которые уже меняют структурную и другие области биологии.
    1 Мария Кадукова 07 марта 2024
  • «Био/мол/текст»-2023/2024
    Свободная тема
    Почему в Рязани грибы с глазами?
    Обзор
    Биология Биомолекулы Микробиология Процессы Цитология
    Почему в Рязани грибы с глазами?
    313 0,1
    Статья на конкурс «Био/Мол/Текст»: Ответ на поставленный вопрос будем искать в светочувствительных системах человека и приматов; мышей и птичек; комаров и бабочек; простейшего многоклеточного животного трихоплакса; растения Арабидопсис; в бактериальных генах, которые повлияли на формирование зрения многоклеточных; и даже у грибов Aspergillus nidulans и Neurospora crassa. В этой статье представлены данные последних исследований спектральной чувствительности грибов, пластинчатых животных и человека, а также рассмотрены реакции ДНК на ультрафиолетовый свет разных диапазонов и участие в этом «цинковых пальцев». Наличие бактерий-симбионтов в синцитиальных сетях грибов и трихоплакса и успехи в «программировании» бактериальных ДНК создают предпосылки для использования этих организмов как модельных, а также создания существ, которых ранее не было в природе.
    0 Даниил Козырицкий 04 марта 2024
  • Мультиомиксные технологии
    Мультиомика и Экологические тайны третьей планеты
    Обзор
    Биодеградация Биомолекулы Биотехнологии Генетика Экология
    Мультиомика и Экологические тайны третьей планеты
    533 0,2
    «Магия всегда оставляет следы, мистер Поттер, порою очень приметные». С этим утверждением Дамблдора согласятся не только герои саги о мальчике, который выжил, но и современные биологи. На нашей планете творится иное волшебство — магия жизни, однако и она способна оставлять свои отметки. В окружающей среде постоянно циркулируют геномы огромного количества живых существ. Они не так приметны, как отпечатки темных заклятий, но современная наука научилась их находить и понимать. В новой статье Спецпроекта «Мультиомиксные технологии» мы увидим, как современные методы позволяют делать выводы об изменении нашего мира по незримым следам живых существ, его населяющих.
    0 Денис Новиков 01 марта 2024