Nature #577 (7790) + онлайны: механизмы устойчивости к CRISPR, связь иммунологических характеристик опухолей с прогнозом заболевания, а также несколько слов о местах, в которых сосредоточены самые большие запасы воды на планете

• Эволюционная микробиология. Происхождение эукариот в настоящее время до конца не выяснено, однако, есть предположение, что они берут начало от линии архей, иначе называемой «Асгардом». При изоляции представителя «Асгардского» археона (Lokiarchaeota) со дна Северного Ледовитого океана было обнаружено, что тот обладает геномными характеристиками, присущими эукариотам. Теперь ученым удалось вырастить эту архею и в лаборатории. В статье авторы представляют собственную модель эукариогенеза, основанную на результатах культивирования, геномных исследованиях и современной литературе. — Isolation of an archaeon at the prokaryote—eukaryote interface. биомолекула: Собственной персоной: ученым удалось вырастить в лаборатории вероятного предка эукариот.
• Микробиология. Система CRISPR у бактерий и архей обеспечивает своего рода, адаптивный иммунитет. Системы CRISPR III типа отвечают за выявление вирусной РНК, что приводит к активации двух областей белка Cas10: домена нуклеазы HD, ответственной за разрушение вирусной ДНК, и домена циклазы, ответственной за синтез циклических олигоаденилатов из АТФ. Последние, в свою очередь, обеспечивают мощный противовирусный ответ. Исследователи обнаружили новое семейство анти-CRISPR ферментов, способных разлагать циклический тетрааденилат. Оказалось, что это свойство позволяет вирусам нейтрализовать систему CRISPR Cas III. — An anti-CRISPR viral ring nuclease subverts type III CRISPR immunity. биомолекула: CRISPR-системы: иммунизация прокариот, Анти-CRISPR: ответ вирусов.
• Онкология, иммунология. Саркомы мягких тканей — это группа разнообразных заболеваний, клинические особенности и ответ на терапию у которых, зачастую, различаются. Чтобы выявить закономерности, опосредующие такую изменчивость, авторы изучили профили экспрессии генов различных подтипов сарком мягких тканей (всего было исследовано 608 образцов). Основываясь на особенностях иммунитета и опухолевого микроокружения, авторы выделили пять подтипов опухолей и выяснили, что наличие в биоптатах третичных лимфоидных структур, насыщенных В-клетками, является одним из важных факторов, ответственных за благоприятный прогноз заболевания. — B cells are associated with survival and immunotherapy response in sarcoma; B cells and tertiary lymphoid structures promote immunotherapy response.
• Молекулярка, микробиология. Mycobacterium tuberculosis — это патоген, имеющий несколько путей воздействия на иммунный ответ организма хозяина. Оказалось, что Е3 убиквинтин лигаза организма хозяина взаимодействует с белком микобактерии Rv0222, что способствует подавлению синтеза провоспалительных цитокинов. — Host-mediated ubiquitination of a mycobacterial protein suppresses immunity. биомолекула: Болезнь, не думавшая сдаваться.
• Эмбриология. Гиппокамп является важным отделом лимбической системы мозга, ответственной за пространственную навигацию и консолидацию информации из кратковременной памяти в долговременную. Авторы изучили клеточные линии, молекулярные особенности и регуляцию транскрипции развивающегося гиппокампа. Всего было изучено 30416 клеток, полученных из гиппокампа человеческого эмбриона, сроком развития 16–27 недель, и выделено 47 подтипов клеток. Также были определены линии клеток-предшественниц, пути их миграции и характеристики экспрессии генов в развивающейся префронтальной коре и гиппокампе человека. Полученные данные позволяют лучше понять особенности развития гиппокампа, а также являются основой для изучения заболеваний, связанных с поражением лимбической системы. — Decoding the development of the human hippocampus.
• Онкология, иммунология. У пациентов, имеющих резистентные формы онкологических заболеваний, воздействие на контрольные точки, влияющие на реактивацию Т-клеток, может позволить достичь длительного контроля над ростом опухоли. К сожалению, роль других клеток в противоопухолевом ответе еще недостаточно изучена, но ученые не дремлют. В недавнем исследовании, проводимом на образцах вторичных метастатических меланом, изучалась роль В-клеток в противоопухолевых реакциях. Было обнаружено, что одновременное присутствие в образцах опухолей CD8+ T-клеток и CD20+ В-клеток ассоциировано с повышением выживаемости. Кроме того, в опухолях, богатых В-клетками, повышались уровни наивных TCF7+ клеток и Т-клеток памяти. Полученные данные могут пригодиться в разработке стратегий иммунотерапии рака. — Tertiary lymphoid structures improve immunotherapy and survival in melanoma.
• Микробиология. В одном из обзоров, опубликованных в свежем номере журнала, вы сможете прочитать о том, какие механизмы бактерии выработали для защиты от фагов, и узнать, как они связаны с разработкой фаговой терапии и открытиями в области биотехнологий. — The arms race between bacteria and their phage foes. биомолекула: Пожиратели бактерий: убийцы в роли спасителей.
• Экология. В горах сосредотачивается значительная часть воды, покрывающей не только природные, но и человеческие потребности. Авторы разработали специальный индекс, позволяющий изучить уязвимость отдельных гор к изменениям климата и антропогенным вмешательствами, а также выделили объекты, требующие особого внимания. — Importance and vulnerability of the world’s water towers.

Science #367 (6475) + онлайны: экономия пространства в клетках, новая методика, применяемая в электронной микроскопии, и микробиология неинфекционных заболеваний

• Структурка. Живые клетки непрерывно «сканируют» окружающую среду, захватывая некоторые частицы в вакуоли. Эти структуры быстро исчезают, что позволяет избежать избыточного накопления органелл и перерастяжения клетки. Авторы обнаружили, что этот процесс осуществляется путем преобразования сферических вакуолей в тонкие канальцы, происходящего благодаря току ионов, вызывающего осмотический приток воды. Спавшиеся вакуоли способствуют активации белков, способствующих расширению мелких канальцев. Это позволило сделать вывод о том, что ионные каналы контролируют ремоделирование мембран, обеспечивают рециркуляцию рецепторов и маршрутизацию клеточного транспорта. — Lipid-gated monovalent ion fluxes regulate endocytic traffic and support immune surveillance, Water loss regulates cell and vesicle volume.
• Иммунология. В ходе недавно проведенного исследования оказалось, что активация наивных Т-лимфоцитов регулируется в зависимости от того, в какое время они покидают тимус, а также что данный процесс может играть важную роль в ограничении появления аутореактивных Т-клеток и предотвращении аутоиммунных заболеваний. — Enforcing T cell innocence, VISTA is a checkpoint regulator for naive T cell quiescence and peripheral tolerance.
• Микробиология. Этот обзор посвящен влиянию микробиоты на развитие и течение неинфекционных заболеваний. По мнению авторов, даже эти болезни могут иметь до некоторой степени микробное происхождение. — Are noncommunicable diseases communicable?
• Методы исследований. Одна из ключевых статей нового выпуска посвящена электронной микроскопии. Авторы комбинировали криогенную флуоресцентную микроскопию сверхвысокого разрешения и сканирующую электронную микроскопию, что позволило смоделировать трехмерную сегментацию морфологически сложных структур в плотной внутриклеточной среде. Данная методика может помочь в изучении взаимодействий белковых структур внутри клетки. — Correlative three-dimensional super-resolution and block-face electron microscopy of whole vitreously frozen cells.