Nature #541 (7635) + онлайны: органоиды желудка, типы амилоидных фибрилл и кодирующие некодирующие РНК

• Молекулярка. Вопреки названию, в длинных некодирующих РНК иногда встречаются открытые рамки считывания, просто обычно они слишком короткие, чтобы предположить существование полезной функции у закодированного пептида. Но вот, к примеру, пептид, закодированный в длинной некодирующей РНК LINC00961 консервативен у человека и мыши и регулирует активность mTORC1. — mTORC1 and muscle regeneration are regulated by the LINC00961-encoded SPAR polypeptide. См. также: Обо всех РНК на свете, больших и малых.
• Клеточная биология, физиология. Без фермента CPT1A, контролирующего скорость β-окисления жирных кислот, у мышей нарушается образование лимфатических сосудов. — The role of fatty acid β-oxidation in lymphangiogenesis.
• Биология развития, биоинформатика. Исследователи из Европейской молекулярно-биологической лаборатории нашли несколько тысяч генетических вариантов, влияющих на уровни экспрессии генов на разных стадиях развития зародышей дрозофилы, а также на обработку 3’-концов РНК. — Genetic variants regulating expression levels and isoform diversity during embryogenesis.
• Биоинформатика. Исследовав геномы и транскриптомы нескольких десятков европейских ясеней, ученые выяснили, что устойчивость этих растений к верхушечному высыхания зависит от уровня экспрессии генов иридоидных гликозидов. — Genome sequence and genetic diversity of European ash trees.
• Молекулярная биология. Ученые уже неплохо понимают, как устроен хроматин на уровне отдельных нуклеосом или на уровне хроматиновых доменов. Но вот взаимодействия нуклеосом между собой до сих пор изучены не так хорошо. В новой работе описывается карта межнуклеосомных взаимодействий для генома человека. Нашлись неоднородные участки — например, есть регионы, где нуклеосомы чаще взаимодействуют не с ближайшими соседями, а с нуклеосомами через две от себя. Особенно часто такие регионы встречаются в гетерохроматине. — Variable chromatin structure revealed by in situ spatially correlated DNA cleavage mapping.
• Генетика. Анализ геномов 164 опухолей пищевода выявил несколько генетически неоднородных групп этого рака, больше сходных с другими исследованными типами опухолей, чем между собой. — Cancer genomics: Spot the difference, Integrated genomic characterization of oesophageal carcinoma.
• Биоинженерия. Ученые научились выращивать из стволовых клеток органоиды, воспроизводящие эмбриональное развитие дна желудка. Интересно, что если нарушить в клетках сигнальный путь Wnt/β-катенина, то получится не эпителий дна желудка, а антральный эпителий, характерный для прилегающей к позвоночник части желудка. — Biological techniques: Stomach growth in a dish, Wnt/β-catenin promotes gastric fundus specification in mice and humans. См. также: Желудок размером с горошину + человеческий кишечник, выращенный в мыши.
• Молекулярка, нейробиология. Β-амилоидные пептиды могут образовывать разные типы фибрилл в зависимости от условий роста. Оказалось, что у пациентов с разными формами течения болезни Альцгеймера (быстро- и медленно прогрессирующей болезнью) отличаются пропорции фибрилл разных типов. — Structural variation in amyloid-β fibrils from Alzheimer’s disease clinical subtypes.
• Палеонтология. Томография удивительно хорошо сохранившегося черепа древней рыбы Dwykaselachus показала, что рыба хотя и напоминала акулу, но на самом деле относилась к химерам. По многим признакам древняя рыба очень сходна с современными химерами, так что они не сильно изменились за сотни миллионов лет. — A symmoriiform chondrichthyan braincase and the origin of chimaeroid fishes.
• Рак. Критическая стадия образования метастаза — обустройство опухолевой мигрировавшей клетки на новом месте. Для процесса образования новой опухоли очень важны локальные условия среды, в которых оказалась клетка. Исследование на мышах выявило 32 гена-регулятора клеточного микроокружения, влияющих на способность опухолевой клетки сформировать метастаз. Большинство из этих генов ранее не были известны как регуляторы метастазирования. — Genome-wide in vivo screen identifies novel host regulators of metastatic colonization. См. также: Опухолевые разговоры, или Роль микроокружения в развитии рака.

Science #355 (6320) + онлайны: правильная сладость нектара, борьба ферментов с холодом и доисторическое заселение Тибета

• Эволюция. Восхитительная работа раскрыла парадокс — почему растения производят разбавленный нектар, хотя все опылители предпочитают как можно более концентрированный. Ученые сконструировали несколько десятков искусственных цветов, оснащенных сенсорами, который фиксировали время контакта с опылителем. Каждый цветок сам готовил свой нектар, смешивая сахар с водой, стараясь как можно больше заинтересовать опылителей. Оказалось, что при определенной плотности опылителей они начинают соглашаться на более разбавленный нектар, и в конце концов искусственный нектар становится похожим на природный. — Perception drives the evolution of observable traits, Cognition-mediated evolution of low-quality floral nectars.
• Рак. Устойчивость к терапии развивается, когда опухолевые клетки учатся обходиться без того пути, на который нацелена терапия. Сразу две работы в новом номере Science раскрывают молекулярные механизмы, с помощью которых рак простаты избавляется от зависимости от андрогенов. Это удивительно, потому что именно андрогены в отсутствие терапии помогают этому типу опухолей прогрессировать. — Reprogramming to resist, SOX2 promotes lineage plasticity and antiandrogen resistance in TP53- and RB1-deficient prostate cancer, Rb1 and Trp53 cooperate to suppress prostate cancer lineage plasticity, metastasis, and antiandrogen resistance.
• Молекулярка. Для гомологичной рекомбинации хромосом во время мейоза в ДНК сначала должны образоваться двухцепочечные разрывы, а потом 5’-конец должен разрушиться до определенной длины, чтобы оставшаяся одинокая цепь ДНК могла внедряться в другую молекулу. Американские ученые выяснили, как длина, до которой разрушается 5’-конец молекулы, зависит от свойств хроматина при мейозе дрожжей. — A global view of meiotic double-strand break end resection.
• Антропология. По последним данным, люди постоянно заселили высокогорные плато Тибета (больше 4000 километров) еще 7400 лет назад. — Permanent human occupation of the central Tibetan Plateau in the early Holocene.
• Нейробиология. С возрастом люди учатся лучше распознавать лица. С помощью МРТ ученые выяснили, чем отличаются области мозга, ответственные за распознавание лиц, у взрослых и детей. — Microstructural proliferation in human cortex is coupled with the development of face processing.
• Палеонтология. В Аргентине нашли останки физалиса возрастом в 52 миллиона лет. Получается, что род Physalis образовался еще до того, как раскололась Гондвана. — Eocene lantern fruits from Gondwanan Patagonia and the early origins of Solanaceae.
• Структурка, вирусология. Лентивирусы, к которым относится ВИЧ-1, встраивают ДНК-версию своего генома в геном хозяина с помощью фермента интегразы. Опубликована структура комплекса интегразы с ДНК для ВИЧ-1 и вируса Меди-Висна. — Cryo-EM structures and atomic model of the HIV-1 strand transfer complex intasome, A supramolecular assembly mediates lentiviral DNA integration.
• Эволюция. Жизнь зародилась при более высоких температурах, чем встречаются сейчас на большей части земной поверхности. Из-за похолодания живым организмам пришлось бороться с ослаблением каталитических способностей своих ферментов. В новой замечательной работе ученые проследили трехмиллиардную историю такой борьбы на примере фермента аденилаткиназы. — Evolutionary drivers of thermoadaptation in enzyme catalysis.
• Клеточная биология. До сих пор считалось, что естественное перепрограммирование клеточных типов во время заживления ран происходит только у рыб и амфибий. В новой работе рассказывается об открытии сходных процессов у мышей — при заживлении ран у них из миофибробластов образуются адипоциты. — Regeneration of fat cells from myofibroblasts during wound healing. См. также: Лаборатория молекулярных основ эмбриогенеза: от гена к признаку.
• Молекулярка. Оказалось, что работа протеасом необходима для правильного образования синаптонемного комплекса между гомологичными хромосомами в мейозе. Протеасомы при этом физически привлекаются к хромосомам с помощью белков Zip. Регулируется этот процесс через убиквитиновые и SUMO-метки. — Control of meiotic pairing and recombination by chromosomally tethered 26S proteasome, A SUMO-ubiquitin relay recruits proteasomes to chromosome axes to regulate meiotic recombination. См. также: SUMO: японская борьба или уникальная посттрансляционная модификация?