basilek@bk.ru 0,0

Тщательное изучение вирусных белков, даже самых многочисленных, подчас преподносит исследователям множество сюрпризов. Российские и американские ученые детально изучили РНК-полимеразу бактериофага φ14:2, входящего в семейство сrAss-подобных фагов — самой многочисленной группы вирусов в желудочно-кишечном тракте человека. Этот фермент упаковывается в вирионы вместе с вирусным геномом и участвует в транскрипции генов фага в начале инфекции. Исследователям удалось получить кристаллическую структуру РНК-полимеразы фага φ14:2, которая, как оказалось, очень похожа на эукариотические РНК-полимеразы, задействованные в РНК-интерференции. Авторы работы высказывают предположение, что эукариотические РНК-полимеразы, участвующие в РНК-интерференции, позаимствованы у фага, который, вероятно, инфицировал бактерию — предка митохондрий.

Проблема стремительного распространения устойчивости к антибиотикам среди патогенных бактерий — одна из самых острых проблем современной медицины, поэтому разработка новых антибиотиков сейчас является очень важной задачей. Недавно на страницах журнала Cell американские исследователи сообщили, что сумели найти новый потенциальный антибиотик широкого спектра в базе данных соединений Drug Repurposing Hub с помощью машинного обучения. Обнаруженное вещество получило название галицин. Авторы работы экспериментально показали, что галицин обладает бактерицидной активностью против бактерий разных филогенетических групп, включая такие патогены человека, как возбудитель туберкулеза Mycobacterium tuberculosis и возбудитель колита Clostridioides difficile. Наша статья посвящена новой стратегии поиска потенциальных антибиотиков с помощью машинного обучения.

Сейчас сложно найти молекулярного биолога, который бы не знал про систему CRISPR/Cas, обеспечивающую адаптивный иммунитет бактерий и архей против вирусов и мобильных генетических элементов. Впрочем, накапливается масса свидетельств и о других функциях CRISPR/Cas. Так, недавно группа исследователей, в числе которых были и специалисты из Центра наук о жизни Сколковского института науки и технологий, показала, что системы CRISPR/Cas могут использовать вирусы гипертермофильных архей в конкурентной борьбе друг с другом. Такие вирусные системы не имеют генов cas, зато содержат локусы CRISPR с несколькими спейсерами, соответствующими фрагментам генома вируса-конкурента. Как же работают вирусные «мини-CRISPR»?

Четыре года назад в научном журнале Nature Immunology вышла наша статья с описанием молекулярного механизма не исследованного ранее синдрома XLPDR (X-linked pigmentary reticulate disorder), и я подробно описал профессиональную кухню этого открытия на «Биомолекуле»: «ДНК-полимераза как регулятор иммунитета. История одного открытия из первых рук». Статья была хорошо воспринята, и сейчас я хочу написать, как развивалась эта тема дальше, — благо, ею занимаюсь в основном я сам, а потому все повороты сюжета происходили на моих глазах. В итоге, по прошествии шести лет мы обнаружили новый симптом синдрома XLPDR, хотя сами исследования по бестолковости напоминали охоту на единорога. Однако в результате единорог был пойман и опубликован.

То, как ребенок появляется на свет, — в ходе естественных родов или через кесарево сечение, — играет ключевую роль в формировании кишечного микробиома. Новое (окей, осени 2019 года) исследование показало, что в кишечнике родившихся с помощью кесарева сечения младенцев отсутствуют штаммы кишечных бактерий (ну или их мало), обнаруженные у здоровых детей и взрослых. Вместо этого в их стуле обнаруживают бактерии, распространенные в больницах. К такому выводу пришла группа ученых из Великобритании, проанализировав микробиомы почти 600 новорожденных! Несмотря на значительную разницу видового состава микробиомов сразу после рождения, пока не ясно, как это сказывается на здоровье в долгосрочной перспективе.